В первом сезоне «Закрытой школы» Андрей Авдеев (Алексей Коряков) с младшей сестрой Надей (Луиза Габриэла Бровина) перевелся в «Логос». Вместе с новыми одноклассниками он начал расследование о пропавших много лет назад детдомовцах. В новом сезоне ребята вернулись с каникул и продолжили искать ответы на вопросы. В компании юных следопытов пополнение. К ним на присоединилась Юля Самойлова (Евгения Осипова), но можно ли ей доверять... Обстановка накаляется, а путь к правде становится все более болезненным и опасным.
Такого успеха сериальной новинки не ожидали ни создатели, ни артисты. Но все они, несомненно, были рады высоким рейтингам, которые гарантировали возвращение к работе. Съемки второго сезона стартовали 11 августа 2011 года и все так же проходили как в павильонах студии «Амедиа», так и в исторической усадьбе Середниково и ее окрестностях. Для продолжения построили новые декорации, ведь ученики продвигались в своем приключении и находили самые загадочные и мрачные помещения.
В режиссерском кресле второго сезона вновь оказался Олег Асадулин («Честный развод 2», «Булки»). К нему присоединился опытный коллега Сергей Пищиков («Пропавшие. Последняя надежда», «Торговый центр») и дебютант Антон Новосельцев. Последний, кстати, еще и появился в эпизодической роли, а также написал музыку для сериала.
В продолжении нашумевшего ремейка «Черной лагуны» больше внимания уделили раскрытию персонажей, с которыми зритель познакомился в первом сезоне. В новых сериях на экране стала значительно чаще появляться Евгения Осипова («Цена прошлого», «Слабое звено»). Ее героиня Юлия стала ключевым игроком в этом расследовании, ведь девушка видит то, что неподвластно другим. Интереснее стала линия бывшего директора школы в исполнении Антона Хабарова («Воскресенский», «Казанова»). Ему была заготовлена не хилая проверка на прочность. Отрицательные персонажи так же получили немало экранного времени. Александр Яцко («Бедный олигарх», «Смычок») в роли Петра Морозова перестал скрывать своей причастности к злодеяниям и отныне на постоянной основе находился в «Логосе».
Второй сезон стал интерпретацией третьего и четвертого сезонов испанского хита про интернат. Сценаристы российской версии не стали вносить каких-либо существенных изменений в сюжет и старались придерживаться канона.
В продолжении молодежной мистической истории появились новые любовные перипетии, а также неожиданные и захватывающие сюжетные линии. За одной из героинь по пятам ходили призраки со своими посланиями, что дало школьникам-следователям новые улики и доказательства. Параллельно дело пыталась раскрыть подосланная тайная шпионка. Ее действия привели к весьма трагичным последствиям, с которыми пришлось разбираться уже знакомому зрителям агенту. В пансионате появилось еще два героя со своими скелетами в шкафу. История стала запутанней, а подозреваемых все больше. Новые обстоятельства доказали — доверять нельзя даже близким.
— А это не опасно?
— Да не очень, правда, мы тут нашли шесть трупов и еще что-то вроде старой тюрьмы. А еще Андрюха получил по башке от Петрушки. Ну и за нами гнался убийца, но его замочил мутант.
— А вообще, приятнейшее местечко, Юль.
