В якутской шахте под названием «Бесперспективная» обнаружен гигантских размеров алмаз, который получает название «Спаситель России». Он настолько огромен, что с его продажи страна может с легкостью погасить внешний долг и обеспечить всем гражданам безбедное существование на несколько лет. Драгоценный камень транспортируют в Москву на охраняемом самолете, где его крадет переодетый в представителя спецслужб мафиози Козюльский. Однако и сам преступник вскоре оказывается ни с чем, когда изворотливый вор-рецидивист Василий Кроликов крадет сокровище прямо у него из-под носа.
Козюльский устраивает погоню за Кроликовым. Параллельно ловкого вора также разыскивает милиция во главе с капитаном Жан-Полем Пискуновым. И те и другие устраивают засаду в доме матери Кроликова Прасковьи Алексеевны. Кроликова ловят, но он умудряется проглотить алмаз, после чего Пискунов везет его в больницу, откуда преступник сбегает, угнав карету скорой помощи. В погоне за вором-рецидивистом полиция по ошибке задерживает знаменитого дирижера Иннокентия Шниперсона, который оказывается братом-близнецом Кроликова. Выясняется, что братьев разлучили в детстве и Иннокентий был отдан на воспитание в детский дом под настоящей фамилией, а Кроликов рос у усыновившей его Прасковьи Алексеевны.
Прямого вмешательства президента Шниперсона отпускают, и дирижер отправляется на собственную свадьбу с американской невестой Кэрол Абзац, но здесь его находят бандиты, приняв за Василия. Пока преступники пытаются выбить из Шниперсона информацию о местонахождении алмаза, Кроликов за него дирижирует оркестром.
Режиссером сумасбродной комедии выступил лауреат премии «Оскар» в номинации «Лучший фильм на иностранном языке» Владимир Меньшов, который получил заветную награду за драму «Москва слезам не верит». Кинокомедия иронично отразила один из самых сложных периодов страны. После выхода лирической комедии «Любовь и голуби» Владимир Меньшов взял перерыв в режиссуре и снимался в кино как актер, а также руководил киностудией «Жанр». Однажды на студию пришли сценаристы Виталий Москаленко и Андрей Самсонов, которые выступили авторами идеи комедии о двух близнецах. Изначально они хотели, чтобы Меньшов просто помог довести сценарий до ума, но Владимир Валентинович так увлекся историей, что решил сам ее снять, и выбил для картины огромный для середины девяностых бюджет. Так родился фильм «Ширли-мырли», который стал ярчайшим представителем кинематографа 1990-х и был разобран на цитаты.
На раннем этапе Владимир Меньшов рассматривал на роль Кроликова Олега Табакова, но тот отказался от главной роли и сыграл алкоголика и дебошира Суходрищева. Главная роль в итоге досталась Валерию Гаркалину, которому пришлось сыграть сразу трех персонажей. Для актера эта роль стала третьей большой ролью в кино после фильма «Катала» и сериала «Белые одежды». За роль в этом фильме актер получил «Приз за лучшую мужскую роль» на фестивале «Киношок». В комедии также снялись звезды советского кино Инна Чурикова, Армен Джигарханян, Леонид Куравлев, Нонна Мордюкова и др. Меньшов, которого зритель знал по предельно серьезным, рвущим душу драмам, собрал лучших советских актеров и собрал разухабистую абсурдную комедию с невозможным в прежние времена уровнем дерзости, попутно проехавшись по национальным стереотипам и актуальным на тот момент проблемам. Некоторые современники не оценили полет фантазии режиссера и сочли шутки про деревянные секс-игрушки, которыми торгуют в Химках, слишком пошлыми и примитивными, но история расставила все по своим местам. Благодаря «Ширли-мырли» Меньшов продемонстрировал всем, что не забронзовел, что способен создать нечто совершенно новое по духу.
Название фильма было позаимствовано из частушки, которую часто пела бабушка сценариста Виталия Москаленко. Первоначально название картины было «Ширли-мырли, шир-минарли, мир-матыркин, му-му-кин», но позднее сокращено до «Ширли-мырли». Это словосочетание не значит абсолютно ничего.
18 августа 2022 года в прокат вышла отреставрированная версия фильма в формате 4К.