Алена Водонаева родилась и выросла в Тюмени в семье врача-ортопеда и преподавателя экономики. После школы она отучилась на журфаке ТюмГУ и некоторое время работала корреспондентом в программе местного телевидения, посвященной криминальным новостям. Но амбиции звали дальше, и она рванула в Москву.
В июле 2004 года Алена стала участницей телешоу «Дом-2», с порога заявив о себе эротическим танцем на столе с настоящим удавом. В реалити она пришла специально к Степану Меньщикову, расположение которого ей удалось довольно быстро завоевать. У них был бурный роман, но в итоге пара рассталась из-за мелких ссор. На проекте Водонаева провела в общей сложности три года, каким-то образом успевая плести интриги, скандалить и одновременно учиться и читать книжки.
После ухода из реалити Алена присоединилась к группе Plazma и записала с ней песню «Бумажное небо». Позже она признавалась, что в сольное музыкальное творчество ударяться не будет, потому что «непонятных певиц» и так хватает. Поэтому сосредоточилась на своем личном блоге на Mail.ru (в 2009 году он стал третьим по читаемости) и карьере телеведущей. Так, она вела интернет-реалити Reality Girl (которое покинула, по сведениям прессы, из-за конфликтов с соведущим Отаром Кушанашвили), «Голую десятку» на РЕН ТВ, авторскую программу на Russia.ru. В 2011-м Водонаева совместно с Анфисой Чеховой впряглась в реалити-шоу «Спокойной ночи, мужики!» на канале ДТВ, в рамках которого проверяла на прочность супружеские пары. Шоу просуществовало четыре месяца, после чего Алена занялась авторской программой, на этот раз посвященной медицине, на интернет-канале «Популярный доктор». Но этот проект Водонаевой получился таким же, как и многие последующие, которые продолжались от силы несколько выпусков и оказывались закрыты из-за низких рейтингов.
А вот со вторым сезоном реалити «Каникулы в Мексике» телеведущей повезло больше. Еще до того, как ее сменила Виктория Боня, Алена даже успела закрутить интрижку с участником шоу Елисеем Полищуком. С сентября 2016 по декабрь 2017 года Водонаева также вела шоу «Пара нормальных», «Стол заказов» и «Тема» на музыкальном канале RU.TV.
Появляясь тут и там, в 2018-м Алена разродилась книжкой «Голая. Правда о том, как быть настоящей женщиной», обсуждение которой в шоу «Нежный редактор», запомнилось Татьяне Мингалимовой надолго. Через год страна увидела ее новую книгу «Мамин торт», написанную в соавторстве с матерью Ларисой. Журналистское образование пригодилось Водонаевой и при написании колонок в журналах «Семь дней», Grazia, «Супер», и для роликов своего ютьюб-канала, где она частенько высказывается в своей резкой манере на общественно-политические темы. Также Алена руководит собственным салоном красоты и выпускает книги.
Официально замужем побывала дважды: первый муж — бизнесмен Алексей Малакеев, от которого у Алены в 2010 году родился сын Богдан. Второй муж — питерский музыкант и диджей Алексей Комов, он же Zeskullz, он же DJ Kosinus. Признается, что жалеет о втором замужестве. Одно время встречалась с эпатажным тусовщиком Славой Пантеровым.