Света и Дина — сводные сестры. У них одна мать, но разные отцы. Свете тринадцать, она выросла без папы, из-за чего ей пришлось рано повзрослеть. Она резка, порой жестока, но достаточно дисциплинированна, чтобы упорно тренироваться в пулевой стрельбе. Девушка мечтает стать снайпером и уехать воевать в Чечню. Дина — полная противоположность Светы. Она творческая и нежная натура, которая выросла в любви и всегда была окружена материнской заботой. В отличие от сестры, занимающейся стрельбой, Дина играет на скрипке и мечтает стать актрисой.
Света и Дина ненавидят друг друга, но жизненные обстоятельства вынуждают их объединиться. Когда обожаемый Диной отец — криминальный авторитет Алик Муртазаев — выходит из тюрьмы, она оказывается в большой опасности. Бывшие соратники обвиняют Алика в пропаже «общака», который был изъят у него после ареста. Бандиты угрожают похитить Дину, если тот не вернет деньги. Муртазаев не согласен с таким раскладом, но решает перестраховаться и прячет девочек в чужой квартире.
Несмотря на запрет отчима, Света звонит бабушке и просит ее не волноваться, невольно выдавая бандитам свое с Диной местоположение. К счастью, девочкам удается сбежать, и они, не видя других вариантов спасения, садятся на электричку и уезжают за город, где живут их родственники по материнской линии. Однако, зная про образ жизни отца Дины, родственница отказывает укрывать у себя сестер и оставляет их на произвол судьбы. Девочкам приходится сплотиться, чтобы иметь хоть какие-то шансы на спасение.
Фильм стал единственной завершенной режиссерской работой Сергея Бодрова-младшего, который до сих пор остается культовой фигурой в истории российского кино. Бодров получил широкую известность и признание благодаря роли Данилы Багрова в дилогии Алексея Балабанова «Брат», которая продолжает удерживать звание одной из лучших российских кинокартин.
История «Сестер» родилась в перерывах между съемками художественного фильма отца режиссера, Сергея Бодрова-старшего, «Давай сделаем это по-быстрому». Источником вдохновения послужил рассказал отца о двух казахских девочках. Случайно вспомнив о нем, Бодров-младший написал сценарий к будущей криминальной драме всего за две недели. Несмотря на то, что всю работу над сценарием Сергей Сергеевич проделал практически самостоятельно, соавторами фильма он указал Гульшада Омарова и своего отца. Изначально Бодров рассматривал сразу несколько названий для предстоящего фильма, среди которых упоминались «Танец живота», «Дочь бандита» и «Сестра», но остановился он на «Сестрах».
Главные роли исполнили Екатерина Горина и Оксана Акиньшина, которые были выбраны из трех сотен претенденток. Акиньшина в те годы занималась в модельном агентстве и по просьбе своего руководителя пошла на пробы, при этом не испытывая никакого энтузиазма. Горина же жила рядом с кинокомпанией «Ленфильм», которая занималась разработкой фильма. О пробах Кате рассказала ее бабушка, и Катя, только что вернувшаяся из загородной поездки, сразу же побежала на студию, даже не переодевшись.
Одну из ролей в драме сыграл сам Бодров, который появился в образе человека, приехавшего на джипе, чтобы пострелять в тире. Изначально режиссер планировал на эту роль другого актера, но не нашел подходящего и решил исполнить ее сам. Его героя в фильме зовут Данила Багров, как и в дилогии «Брат». По словам самого режиссера, таким образом он передал «веселый привет Балабанову». Кроме того, в фильме Бодрова-младшего снялся Александр Баширов, один из любимых балабановских актеров.